한국수산자원관리공단의 운영이 총체적으로 부실투성이다. 수산자원관리공단은 2011년에 출범한 국내 수산자원 관련업무를 통합관리하는 준정부 공공기관으로 인공어초,바다숲,바다목장 및 종묘방류사업 등을 담당하고 있다.

수산자원관리공단은 2011년 공공기관 평가에서 총 47개 기관중 47위로 꼴찌를 기록했다. 특히, 47개 기관 중 기관평가 ‘E’ 등급을 받은 곳은 수산자원관리공단 한 곳이다.  또한 기관장 평가에서도 ‘D’ 등급을 받아 29개 기관중 25위를 차지하여 최하위권을 기록했다. 주요 지적사항을 살펴보면, ①신설기관으로 무리한 목표설정 ②전반적인 성과 관리체계에 대한 조정과 보완이 필요 ③주요사업 선정과정에서 체계성이나 분석이 미흡 ④효율성 제고위한 인력, 예산, 업무간소화 등의 활동이 미미 ⑤기관 주요사업에 대한 기여정도가 저조 등으로 평가기준의 거의 모든 분야에 걸쳐 지적을 받았다.
하위직으로 내려갈수록 연봉한도액 대비 실제연봉지급률이 낮아지는 것도 문제이다. 공단 직원의 평균급여는 6100만원 수준으로, 문제는 급여지급체계에 있다. 이사장과 상임이사의 경우, 연봉한도액인 1억1,331만원과 9,927만원을 실제연봉으로 수령했다. 그러나 일반행정원들의 경우, 연봉한도액인 4,379만원의 70% 수준인 3,077만원만 받고 있다. 이렇게 ‘부익부 빈익빈’의 매우 불합리한 급여체계는 반드시 시정되어야 한다. 기관의 예산이 충분치 못하다면, 차라리 역으로 급여가 낮은 일반행정원들이 조금이라도 더 받는 것이 바람직하다. <문>